De acordo com o artigo 37, inciso V da Constituição Federal de 1988 as funções de confiança, exercidas exclusivamente por servidores ocupantes de cargo efetivo, e os cargos em comissão, a serem preenchidos por servidores de carreira nos casos, condições e percentuais mínimos previstos em lei, destinam-se apenas às atribuições de direção, chefia e assessoramento.
Em outras palavras, as funções de confiança e os cargos em comissão são bem parecidos. A maior diferença está no lugar ocupado no quadro funcional da Administração, enquanto o cargo comissionado ocupa um espaço na sua estrutura, uma vez que se nomeia uma pessoa qualquer para exercê-lo, reservado o limite mínimo exigido por lei, atribuindo-lhe um conjunto de responsabilidades, a função de confiança é atribuída a um servidor efetivo, que já pertence aos quadros da Administração, sem mudar a estrutura organizacional da Administração Pública.
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Segundo a disposição constitucional expressa no inciso II, do artigo 37, além dos cargos comissionados serem declarados de livre nomeação, também são de livre exoneração, ou seja, a autoridade competente para nomear poderá também exonerar os ocupantes de tais cargos através de ato discricionário. Entretanto, a Emenda Constitucional nº 19/98, introduziu, como regra, que os cargos comissionados deverão ser preenchidos por servidores de carreira, isto é, concursados (efetivos), nos casos, condições e percentuais mínimos exigidos por lei.
Não há um número específico de quantas funções de confiança e cargos comissionados podem ser dispostos em um mandado, porém há um valor máximo do quanto pode ser gasto com a folha de pagamento. Segundo o artigo 20, III, da Lei complementar 101 os gastos podem ser de no máximo 6% para o Legislativo, incluído o Tribunal de Contas do Município, quando houver, e 54% para o Executivo.
Embora ocupantes de cargos comissionados não tenham os mesmos direitos dos concursados, a Justiça vem estendendo algumas garantias a esses servidores. O Tribunal de Justiça de Goiás, por exemplo, decidiu que gestante tem direito à estabilidade provisória mesmo em cargos de comissão. Além disso, o STF já concluiu que os ocupantes de cargos comissionados não respondem à regra de aposentadoria compulsória de servidores públicos definida pelo artigo 40 da Constituição Federal. Segundo a corte, um servidor aposentado contra sua vontade pode continuar na função em comissão.
Por outro lado, o Tribunal Regional Federal da 3ª Região já avaliou ser inconstitucional qualquer forma de provimento de cargo sem prévia aprovação em concurso público. Com isso, a corte negou recurso de servidores do Tribunal Regional do Trabalho da 2ª Região que pleiteavam o retorno ao cargo de analista judiciário após terem tido suas ascensões anuladas por ato daquele órgão. Já o Tribunal de Justiça de São Paulo decidiu que sociedades de economia mista devem seguir as mesmas regras impostas ao Poder Público para admissão de servidores, por meio de concurso, com exceção dos integrantes de seus conselhos.
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